中科院上海巴斯德研究所麒麟创新研究院（以下简称 创研院 ）是由中国科学院上海巴斯德研究所与南京市麒麟科技创新园（生态科技城）开发建设管理委员会共同举办的南京地方事业法人单位，于2018年1月正式成立。
创研院以打造成为上海巴斯德所南京分所为主要定位，聚焦传染病诊防治及生物医药的研发，重点开展抗体药物、新型疫苗、分子免疫诊断等方向的前沿理论与技术创新、产品创制等，推动研发及产业链高端要素汇聚，协力打造国际一流的麒麟生物医药产学研基地。
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